Desa Toyomerto berdiri sekitar tahun 1920 meliputi beberapa kampung diantaranya Kp. Wanasaba, Kp. Wera, Kp, Kebeladan, Kp. Pelabuhan, Kp. Krapyak, Kp. Cemereta.

Pada tahun 1955 s/d tahun 1963 Kepala Desa Toyomerto dijabat oleh Bapak Juwawi. Pada tahun 1963 s/d tahun 1974 jabatan Kepala Desa dipimpin oleh Bapak H. Sulaeman Rais. Kemudian pada tahun 1974 sampai 1983 Kepala Desa dijabat oleh Bapak Rahmani.

Setelah tahun 1983 Desa Toyomerto dimekarkan menjadi 2 Desa, yaitu Desa Toyomerto dan Desa Wanayasa. Desa Toyomerto merupakan Desa induk meliputi Kp. Wanasaba dan kampung Wera sedangkan Desa Wanayasa merupakan Desa Pamekaran meliputi Kp. Pelabuhan, Kp. Sukamulya, Kp. Krapyak dan Kp. Toyomerto.

Dari tahun 1983 s/d 1989 Kepala Desa Toyomerto dijabat oleh Kepala Desa Definitif Bapak Rahmani. Dari tahun 1989 s/d 2007 selama 2 periode dijabat oleh Bapak H. Murtado. Dari tahun 2007 s/d 2012 Kepala Desa dijabat oleh Bapak H. Faizullah. Pada tahun 2013 s/d 2019 Kepala Desa dijabat oleh Bapak Iskandar, S.Ag.

Seiring dengan perkembangan zaman Desa Toyomerto sekarang terbagi dalam 3 RW dan 12 RT meliputi Kp. Wanasaba, Kp. Wera, Kp. Sukamulya Baru dan satu Komplek Puri Hijau Regency. Dan pada bulan Desember 2012 diadakan pilkades dan dimenangkan oleh Bapak Iskandar,S.Ag.